Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

Flammable

Сингапур: +1426 за сутки, +20% от числа инфицированных за все время

1,426 new coronavirus cases in S'pore in new daily high // Straits Times, сегодня.
Из этой цифры только 16 - местные, остальные - иностранные рабочие, их там 323 тыс.
Там пару недель назад стали массово обследовать их общежития - после того, как contact tracing кластеров инфицирования местных жителей, ассоциированных со стройплощадками, вывел на общежития.
Пока потестировали 1% от их числа их обитателей.
График ниже, с раскраской по соцтипам инфицированных (приезжие, местные, нерезиденты с рабочей визой, рабочие из общежитий) с сайта их минздрава, на вчера:

В Малайзии, видя эти данные, с 15.04 тоже занялись скринингом иностранных рабочих (а там их 2.2 млн. только легальных/зарегистрированных) - но пока в режиме best effort и только легальных.
Но Федерация работодателей запросила у правительства проверку и нелегалов, которых, по их заявлению, больше - и указала их районы обитания:
Malaysian govt urged to track coronavirus spread among illegal foreign workers // Straits Times, сегодня.

P.S. Говорят, что в РФ немало иностранных рабочих и не все они легальны...
Flammable

COVID-19: Украина и соседи

/репост FB-позавчерашнего/
Ситуация по Украине и соседям - и с сухопутными границами, и по Черному морю.
Кумулятивные подтвержденные случаи на 100 тыс. населения.
Турцию добавлять не стал - там крутая кривая с текущим значением в 88.9 на 100 тыс., остальные на ее фоне мелковаты.


Кумулятивное число смертей на 100 тыс. населения, с Турцией:

В обоих случаях отсутствует Словакия - какой-то глюк shinyapps.
Для нее на сегодня, на 100 000:
кумулятивные подтвержденные случаи - 17.9;
кумулятивное число смертей - 0.15.

Оборудование и материалы:
Визуализатор - http://shinyapps.org/apps/corona/
Набор данных на 17.04.2020 - ECDC (European Centre for Disease Prevention and Control) - https://www.ecdc.europa.eu/en
Flammable

COVID-19, циферки дня

Украина по кумулятивному числу инфицированных* обогнала Малайзию - 5 449 vs 5 305.
Заодно Малайзию обогнал и Сингапур со своими 5 992 случаев. Это после того, как они занялись общежитиями иностранных строительных рабочих и получили взлет кривой - с пиком 18.04.2020 в 942 New Cases. И в тот же день ввели для них 14-дневный карантин (stay-home notice) по общежитиям.

Россия же 18.04 вышла на 5-е место в еврорегионе ВОЗ по сумме новых случаев за последние 5 дней**:
5. РФ - 23 209
4. Италия - 24 857
3. Испания - 31 046
2. Турция 31 517
1. Великобритания - 38 420

Справочно, Украина - 2 595

На фото - вечер, Джоржтаун, Пенанг, Малайзия.
Ровно за 2 недели до первого COVID-случая в Малайзии в Джохоре.



--
* подтвержденных ПЦР-тестами
** Панель евроВОЗ "Ситуация с COVID-19 в Европейском регионе ВОЗ" https://who.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/a19d5d1f86ee4d99b013eed5f637232d
Flammable

Киево-Печерская Лавра: +63 COVID-позитивных за сутки

Flammable

Массовое COVID-19-тестирование и PCR samples pooling

Заброшу и сюда свое недельной+ давности фейсбучное
=============
По прочтении жалоб на недостаточную массовость тестирования бо ПЦР-тесты шибко дороги и длительны внезапно в памяти всплыло словосочетание PCR samples pooling...

Чем отличается ПЦР от классической иммунохимии (которая экспресс-тесты на IgG и IgM)? - в ПЦР проводится амплификация ДНК (в случае РНК-вирусов - обратно транскрибированной по РНК) и там концентрация особого значения не имеет.
Но ПЦР - долго и не сильно дешево.
Поэтому при тестировании групп в некоторых случаях используется и PCR samples pooling.
1. Грубо говоря, сплоченный коллектив чего-нибудь, к примеру, станции скорой помощи, плюет в одну пробирку.
После чего содержимое хорошо перемешивается, оттуда отбирается аликвота и запускается на ПЦР.
2 Если результат отрицательный, все радуются.
3 Если положительный - то метод половинного деления: коллектив делится на 2 подгруппы, которые плюют уже в 2 пробирки - и GOTO 1.
Хорошо работает - в смысле экономии числа тестов - при слабом инфицировании - например, отловить 1 инфицированного из 64 подозреваемых требует проведения 6 тестов.
Пошел в библиотеку вспоминать дальше.

UPD1 - таки память не изменила, статья по следам вспышки гриппа H1N1 2009 г.: Tam T Van et al. Pooling Nasopharyngeal/Throat Swab Specimens to Increase Testing Capacity for Influenza Viruses by PCR. Microbiol , 50 (3), 891-6 Mar 2012
Мотивация - та же: During times of surge testing or enhanced pandemic surveillance, public health laboratories (PHLs) may experience overwhelming demand for testing, even while the prevalence of positive specimens remains low.
Пулинг по 10 образцам, ПЦР (rRT-PCR swine flu panel), все ОК, слепое тестирование (5 пулов, рассылка по внешним лабораториям) тоже OK:
To test the robustness of the pooling protocol, a panel of 50 blinded samples was sent to three PHLs and tested in five pools of 10.
Ну и на PubMed не переизбыток, но, кажется, quantum satis статей по этому методу.
Flammable

Google, COVID-19 и нефиг шастать

Google выложил COVID-19 Community Mobility Reports по данным Android-девайсов с включенной Location History.
Показывают посещаемость по 3-м категориям (1) магазины-рестораны-развлекуха, (2) продовольственные магазины и аптеки и (3) парки и прочий открытый воздух, с 23.02 по 5.04
Данных по Украине и России нет, зато есть по Беларуси - там эпидемии, как известно, официально нет, поэтому шоппинг несколько снизился, зато народ шарится по паркам.
На картинке, для контраста - Малайзия. С 18.03 они ввели в действие Movement Control Order, и - опа! - народ закупился (пичок продмаги-аптеки 16-17.03) и стал нефиг шастать.
Малайцы, они народ простой, но несколько прямолинейный - у них знак "Проход запрещен" весьма нагляден, см. фото ниже :)



Flammable

Карантинно-фольклорное

А что у нас с Subj?

Вот я - ветеран карантинного движения, хранящий самые теплые воспоминания о холере-1970 в Керчи: лишний месяц каникул, баки с подкисленной лимонной кислотой питьевой водой в школе (и прицепленной к ним на веревочке коллективной кружкой) и т.д. и т.п

Тогда в распечатках на пишмашинке ходила "поэма", начинавшаяся, помнится, так:

Мы не с Луны к вам прилетели,
Не отрывались от Земли,
Но в обсерваторе неделю
Как космонавты провели*.

У нас как и у них микробов
Никто же, к счастью, не нашел,
Хотя из ж... брали пробу,
Все, слава богу, хорошо.

Мы, стоя у окна, дышали
Чуть влажным воздухом морским.
Кто вслух, кто молча проклинали
Себя, холеру, море, Крым.

А еще был и "Ответ обиженных керчан", от которого в памяти ничего не осталось :(
UPD. земляки вспомнили фрагмент - "Вы пляжи наши захламили, Зассали воду на пляжах, Вы там холеру разводили, Из нас никто не виноват".

А сейчас то ли со средними фольклорными формами никак, то ли они проходят мимо меня...

--
* Насчет Луны - отсылка к недавнему, 1969 года, полету Аполлона-11, экипаж которого по возвращении с Луны загнали в обсерватор - на случай внеземных инфекций
Flammable

Крым, COVID-19, нельзя, но можно

Сегодня на КСН, рядышком и можно, и нельзя:

По ярмаркам Любимый Руководитель выдал пояснение:  «Ярмарки мы не отменяем, но на каждой должен быть администратор. Кучность не допускать, соблюдать расстояние».
Патамушта забота о народе и против спекулянтов-саботажников, вздувающих цены, как было объявлено вчера.
Flammable

Италия, COVID-19, статья по lessons learned...

...медиков из Papa Giovanni XXIII Hospital in Bergamo, опубликована March 21:
Mirco Nacoti et al. At the Epicenter of the Covid-19 Pandemic and Humanitarian Crises in Italy: Changing Perspectives on Preparation and Mitigation // NEJM Catalyst.

Ниже - краткое изложение выводов с моими комментариями.
1. Переоборудовать стационары "общего назначения" в инфекционку под COVID-19 - очень плохая идея.
Результат - весьма высокие показатели внутрибольничного инфицирования. Как пациентов, так и медперсонала.
/у нас поэтому и определили опорные больницы на базе инфекционок, что правильно./
2. Аналогично - транспорт COVID-инфицированных в стационары. Должен быть отделен от транспорта прочих пациентов.
В Бергамо персонал единой службы скорой помощи с бессимптомным протеканием или слабыми симптомами начальной стадии стал вектором инфицирования.
3. Крайне необходимы защита и постоянный мониторинг медперсонала, включая бригады скорой помощи, которые без этого становятся векторами инфицирования. No compromise should be made on protocols; equipment must be available.
/у нас с этим, похоже, фигово: на 26.03 в Тернопольской области было инфицировано 4 врача, четверть от общего числа инфицированных по области - https://www.rbc.ua/rus/news/ternopolskoy-oblasti-koronavirusom-zarazilis-1585177363.html /
4. Желательно, максимальная доля домашнего лечения - вплоть до умеренных состояний и выздоравливающих, требующих early oxygen therapy - кислородной ингаляции. Для этого нужно выдавать пульсовые оксиметры и кислородные ингаляторы.
Это снизит нагрузку на стационары и позволит им заниматься тяжелыми состояниями - This approach would limit hospitalization to a focused target of disease severity, thereby decreasing contagion, protecting patients and health care workers, and minimizing consumption of protective equipment.
/+ учить пациента / его родных с ними обращаться + обеспечивать телемедицинскую поддержку + развозкой менять кислородные баллоны. Что абсолютно не согласуется с нашей нормативной. Ингаляторы должны быть настоящими, вроде таких - https://med-texnika.com/inhaler-oxygen-ki-3М /
5. Нужны мобильные госпитали - снижение нагрузки на стационары.
/Эпидемические вспышки неравномерны в пространстве и времени - мобильные госпитали позволят перекрыть или смягчить нехватку койкомест, оборудования и персонала. Вообще-то это классика, такое должно быть, но у нас, насколько мне известно, этого нет./
6. Карантинные меры необходимы - должны быть special measures to reduce epidemiologically negative behaviors. Pandemic solutions are required for the entire population, not only for hospitals.

Об отслеживании контактов инфицированных как в Сингапуре речь там не было. Что закономерно - на такой стадии на это нет ресурсов. Но в Сингапуре ранний запуск такой системы позволил выявлять кластеры заражения и сдержать эпидемию - на сегодня, 27.03 (началось у них в самом начале февраля) - 732 случая, 2 (две) смерти на почти 6-миллионный город.
Один из факторов сдерживания - информирование о случаях инфицирования с указанием адресов как заболевших, так и кластера - чтобы соседи или посетители знали и могли предпринять меры - хотя бы тщательней наблюдать за собой: https://www.straitstimes.com/multimedia/graphics/2020/02/spore-virus-cases/index.html?shell
/у нас это, наверное невозможно - поскольку лозунг о защите персональных данных - наше все/