kurgus (kurgus) wrote,
kurgus
kurgus

Categories:

Массовое COVID-19-тестирование и PCR samples pooling

Заброшу и сюда свое недельной+ давности фейсбучное
=============
По прочтении жалоб на недостаточную массовость тестирования бо ПЦР-тесты шибко дороги и длительны внезапно в памяти всплыло словосочетание PCR samples pooling...

Чем отличается ПЦР от классической иммунохимии (которая экспресс-тесты на IgG и IgM)? - в ПЦР проводится амплификация ДНК (в случае РНК-вирусов - обратно транскрибированной по РНК) и там концентрация особого значения не имеет.
Но ПЦР - долго и не сильно дешево.
Поэтому при тестировании групп в некоторых случаях используется и PCR samples pooling.
1. Грубо говоря, сплоченный коллектив чего-нибудь, к примеру, станции скорой помощи, плюет в одну пробирку.
После чего содержимое хорошо перемешивается, оттуда отбирается аликвота и запускается на ПЦР.
2 Если результат отрицательный, все радуются.
3 Если положительный - то метод половинного деления: коллектив делится на 2 подгруппы, которые плюют уже в 2 пробирки - и GOTO 1.
Хорошо работает - в смысле экономии числа тестов - при слабом инфицировании - например, отловить 1 инфицированного из 64 подозреваемых требует проведения 6 тестов.
Пошел в библиотеку вспоминать дальше.

UPD1 - таки память не изменила, статья по следам вспышки гриппа H1N1 2009 г.: Tam T Van et al. Pooling Nasopharyngeal/Throat Swab Specimens to Increase Testing Capacity for Influenza Viruses by PCR. Microbiol , 50 (3), 891-6 Mar 2012
Мотивация - та же: During times of surge testing or enhanced pandemic surveillance, public health laboratories (PHLs) may experience overwhelming demand for testing, even while the prevalence of positive specimens remains low.
Пулинг по 10 образцам, ПЦР (rRT-PCR swine flu panel), все ОК, слепое тестирование (5 пулов, рассылка по внешним лабораториям) тоже OK:
To test the robustness of the pooling protocol, a panel of 50 blinded samples was sent to three PHLs and tested in five pools of 10.
Ну и на PubMed не переизбыток, но, кажется, quantum satis статей по этому методу.
Tags: covid-19, Биология, Медицина, Химия
Subscribe

  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 7 comments